Pathway解析
「この間の学会でよく聞いた名前なんだけれど、Pathwayの解析ができるらしいから、ちょっと調べておいて」というオーダーのもと、ちょっと調べてみた。
DAVID
遺伝子のリストなり、Microarrayのプローブ名のリストなりを入力すると、どうやらGOやなんかで定義されているfunctionを検索して、「その遺伝子リストに関係しそうなfunctionその他はこれですよ」ってリスト表示してくれる。Webインターフェイスだけど、軽快。APIも公開されてるっぽいので、なんか使えるかもしれない。
でも、ここで表示されるリストから貼られているリンクがメンテされてなくて、Uniprotあたりの有名ドコロですら、繋がらなかったりするのがいただけない。Publicationのリストも2009年が最新みたいだし、もうメンテされてないのかもしれない。
Paradigm
gitでソースコードが公開されてる。けど、ドキュメントないし、screenshotもない。使い方もさっぱりわからない。とりあえず、この手のツールのbuildにCygwinを使うとハマるのは予想できるので、久々にVirtualBoxのUbuntuをbootするところから始める。
makeしようとすると、オレとしたことがg++がないというエラー。まさかインストールしてなかったとは。そして、main.cppにてdai/alldai.hというファイルがないというエラー。
#include <dai/alldai.h>
とりあえず、apt-cache search dai とか apt-cache search libdai とかしてみたけれど、ラチがあかない。結局、http://cs.ru.nl/~jorism/libDAI/というところで配布されていることがわかった。おお、今度はREADMEがついてるぞ。cp Makefile.LINUX Makefile.conf をしておいた後で、buildするために予め用意しておかなければいけないライブラリが多数あることがわかった。
On Debian/Ubuntu, you can easily install the required packages with a single command:
apt-get install g++ make doxygen graphviz libboost-dev libboost-graph-dev libboost-program-options-dev libboost-test-dev libgmp-dev cimg-dev
(README)
とりあえず、他にrecommended packageが大量にダウンロードされるところから始まったので、今日のところはここまで。微妙にハードル高くて、オラなんだかワクワクしてきたぞ。
その後の報告
DAVIDについては、統合TVに解説があるのを発見。使い方が間違っていないことはわかった。問題は、出てきたリストのスコアについての解釈だ。他にもGSEAというツールについての解説があるのを発見。統合TVは便利だぞ。
Paradigmは結局buildできない。どうなってんだ。
