R-2.7.0をインストールする→2.6.1に戻す

Mac BioInformatics R

R-2.7.0をインストール

R-2.7.0が出てるようなので、インストールしてみた。
早速起動してみると、切ないメッセージが。

WARNING: You're using a non-UTF8 locale, therefore only ASCII characters will work.
Please read R for Mac OS X FAQ (see Help) section 9 and adjust your system preferences accordingly.

で、おっしゃるとおりRのFAQを見てみたところ、defatult databaseにLANGの設定を書き込めば良いらしい。MacOS Xも10.5になったのに、まだまだNeXTSTEPのdefault databaseを使ってるんだなぁ、、、、。

 defaults write org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8

ちょっと気になるのが、今は、どういう状態になってるか？ってことだけど。

% defaults read org.R-project.R  LANG
2008-04-28 10:50:44.812 defaults[745:10b] 
The domain/default pair of (org.R-project.R, LANG) does not exist

あ、セットされてないんだ。なるほど。まぁ、とりあえず僕は日本人なので、以下のように設定しておいた。

 defaults write org.R-project.R force.LANG ja_JP.UTF-8

これで、問題なし。

BioConductor周りが、、、

で、今、こんな感じ。

> library("Biobase")
 要求されたパッケージ tools をロード中です 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
   共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/Biobase/libs/i386/Biobase.so' を読み込めません 
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/Biobase/libs/i386/Biobase.so, 6): Library not loaded: /usr/local/lib/libintl.3.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/Biobase/libs/i386/Biobase.so
  Reason: image not found 
 エラー：  'Biobase' に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

おかしいな。

BioConductorの要件を見直す

BioCoductorのサイト(http://www.bioconductor.org/)を見ると、こんな風に書いてあることに気がつく。

BioC Release 2.1
BioConductor 2.1 was released 8 October, 2007. This release is designed for R 2.6.1.

どうやら、BioConductorの要件として、R-2.7.0ってのは良くないのかもしれないな。というワケで、/Library/Frameworks/R.framework/ と /Applications/R.app を削除して、R-2.6.1をインストールしなおしてから、BioConductorをインストールし直す。
これで、ちゃんと動作するようになった。

しかし、http://www.bioconductor.org/News/2008-03-04 によると、

BioConductor release scheduled for 30 April 2008.

とか書いてあるので、、、あと2日ほど待てば、インストールし直しとかしなくても良かったのかも、、、、。