miRNA解析をBioConductor上でやりたいのだけれど

miRNAのマイクロアレイの解析を頼まれて、非常に困った。

library(affy)
exp <- exprs(eset <- rma(Data <- ReadAffy()))
cl <- c(rep(0,10),rep(1,10))
library(siggenes)
summary(sig <- sam(eset, cl, B=1000))

みたいなド定番で何の工夫もないやり方にしか慣れてないので、「えーと、read.delim() して、同じ配列のプローブが複数箇所あるからソレをsummarizeして、、、」とか、考えるだけでツラい。
そして、出てきた例えばhsa-mir-375にどんな働きがあるのか？というのをどう調べたら正解なのか、イマイチよく分からない。
targetscanでhsa-mir-375を検索したとして、targetにINSIG2があって、insulin induced gene 2が抑制されるってこと？っていうのを考えるべきなのか、なぜこのhsa-mir-375の発現亢進が起きているのか？ということをhsa-mir-375のgenome上の位置から転写因子がーって考えるべきなのか、まあ、両方なのかもしれないけれど、どうやって進めればよいのやら。
なんか、一つ一つのmiRNAにtargetとして予測されるmRNAが大量すぎるし、miRNAが過剰発現している時にtargetのmRNAの転写は阻害されないのでmRNA自体はたくさんあると考えるべきなのか、やっぱりcleavageされてmRNA自体の発現量も下がってると考えるべきなのか、mRNAがmiRNAによって転写抑制されるせいでちっとも必要なアミノ酸が作られないからmRNAの発現は却って亢進してると考えるべきなのか。

ということを、考えてる間に10月も終わるし。ああ。