methylation解析をBioConductor上でやりたいのだけれど

とりあえず、wateRmelonとかIMAとかと格闘中。
「デザインがなされていない実験結果だけを渡されても解析なんてできない」とはよく言われることではあるけれど、それ以前の問題で、Illumina 450Kのプローブが2種類あってちゃんと正規化しないといけないことを今頃知ったりするていたらく。
この辺りは、ちゃんと勉強したいんだけれど、入門編的なテキストを見つけられないでいる。
関数のドキュメントを読んでも用語が理解しづらかったりするしな。