MiRaGEを使ってみる

microRNAにも昨今は手を伸ばし始めたというか、分かんないながらに手探りで進み始めたんだけれど、mRNAの発現データを元に発現亢進しているmicroRNAを予測するMiRaGEというWeb Appがあると聞いたので、試してみることにした。

MiRaGEでググる

とりあえず「MiRaGE」でググってみたけど、ヒットしない。「MiRaGE microRNA」で検索しても、MiRaGEのことを書いた論文はヒットするが、MiRaGEのサーバーはヒットしない。もう前途多難感がハンパねえ。
で、ようやくhttp://www.granular.com/MiRaGE/にたどりついた。けど、使い方がさっぱり分からない。

How to Use

とりあえず「How To Use」してみたら、使い方を教えてくれるんじゃなくて、「ここから使え」になってたあたり、非常に潔い作りだ。そして、実際の解析サーバは非常にsimpleなUIでsimple過ぎるんじゃないか？と心配になるけれど、考えてみれば、解析作業にrichなUIの有無は関係ない。

やってみた

mRNAのアレイの結果をタブ区切りテキストに変換したものを読ませるだけで、割と簡単にmiRNAの上位181個のリストが表示される。これ便利だな。
しかし、mRNAのアレイで発現が抑制されているmRNAがあるとして、その発現抑制の原因をmicroRNAに求めるのが正しいのかどうか？という疑念は消えない。
まあ、だから、次に実際の実験でmicroRNAでknockdownできるか？とかを調べたりするんだろうね。