BioPerlをインストールした

随分前にblast+をインストールしたワケだけれど、blast+をちゃんとbioperlから使えるようにしてなかった。コレを使えるようにするのが、意外に面倒だった。

bioperl-liveとbioperl-runとbioperl-dbをインストールする

どうやら、もうCPANのshellで

install Bundle::BioPerl

するのは違うらしい。
CPANからはBioPerl-1.6.1をダウンロードできるんだけれど、このバージョンでBio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus が使えるのかどうかはっきりしないし、bioperlのインストールというヤツはいつだってトラブったりして非常に面倒だから「とりあえずインストールしてみてから確認」というのも気が進まない。ということで、開発版をインストールする。

% git clone https://github.com/bioperl/bioperl-live.git
% git clone https://github.com/bioperl/bioperl-run.git
% git clone https://github.com/bioperl/bioperl-db.git

正直なところ、bioperl-liveだけで良いのか、後の2つが要るのか、よく分からない。
まずは、bioperl-liveからインストールする。

% cd bioperl-live
% perl ./Build.PL
% sudo perl ./Build install

ただ、これだけだ。bioperl-runも同様。

% cd bioperl-run
% perl ./Build.PL
% sudo perl ./Build install

bioperl-dbも同様かと思いきや、ちょっと様子が違う。

% perl Build.PL
Checking prerequisites...
Looks good
 
Checking features:
  mysql_support.....enabled
  Pg_support........enabled
  Oracle_support....disabled
    - DBD::Oracle is not installed
 
Have you already installed BioSQL? y/n [y ]

BioSQLとはなんぞや？

BioSQL

http://www.biosql.org/ を見ると、どうやらGenBankなんかの情報をストアするローカルのDBのテンプレートみたい。自分でDB設計するの面倒だし、こういうのチョー便利。早速、INSTALLを見ながら、とにかくmysql-serverにインストールする。

% git clone https://github.com/biosql/biosql.git
% cd biosql/sql
% mysqladmin -uroot -pXXX create biosql
% mysql -u root -pXXX biosql < biosqldb-mysql.sql
% cd ../bioperl-db
% perl ./Build.PL
% sudo perl ./Build install

ここまでやって、あらためて、perldoc Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus すると、ちゃんとhelpを参照できるので、おそらくインストールできている気がする。