複数のSeriesMatrixファイルをGeoQueryで読む方法が分からない

Diary R BioInformatics

弊社の社内からftp-proxyを経由してBioConductorのGEOQueryでデータをダウンロードする方法が分からない。そういうワケで、GEOの画面からhttp経由でSeriesMatrixファイルをダウンロードして、そのファイルをgetGEO(file="...")のようにすることが、多々ある。

> library(GEOquery)
 要求されたパッケージ Biobase をロード中です 
 要求されたパッケージ BiocGenerics をロード中です 

 次のパッケージを付け加えます: '‘BiocGenerics’' 

The following object(s) are masked from ‘package:stats’:

    xtabs

The following object(s) are masked from ‘package:base’:

    anyDuplicated, cbind, colnames, duplicated, eval, Filter, Find,
    get, intersect, lapply, Map, mapply, mget, order, paste, pmax,
    pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rbind, Reduce, rep.int,
    rownames, sapply, setdiff, table, tapply, union, unique

Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
> gse2430 <- getGEO(file="GSE2430_series_matrix.txt.gz", GSEMatrix=T)
File stored at: 
C:\Users\fukuit\AppData\Local\Temp\Rtmpc7lhOV/GPL84.soft
 警告メッセージ： 
In download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) :
   ダウンロードされた長さ 1581519 != 報告された長さ 200 です 
> head(gse2430)
ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 1 features, 4 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: GSM45588 GSM45589 GSM45590 GSM45591
  varLabels: title geo_accession ... data_row_count (45 total)
  varMetadata: labelDescription
featureData
  featureNames: AFFX-Athal_actin_at
  fvarLabels: ID ORF ... Gene Ontology Molecular Function (15 total)
  fvarMetadata: Column Description labelDescription
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: GPL84 
>

まあ、このGSE2430を選んだことに他意はない。Pseudomonas aeruginosaか、、、ソレはソレでおもしろそうだけど。
では、このSeriesMatrixファイルが複数あるような場合はどうしたら良いのか。例えば、GSE2109の場合、データ量が多いこともあって、SeriesMatrixファイルが9分割されている。

> gse2109 <- getGEO(file=c("GSE2109_series_matrix-1.txt.gz","GSE2109_series_matrix-2.txt.gz","GSE2109_series_matrix-3.txt.gz","GSE2109_series_matrix-4.txt.gz","GSE2109_series_matrix-5.txt.gz","GSE2109_series_matrix-6.txt.gz","GSE2109_series_matrix-7.txt.gz","GSE2109_series_matrix-8.txt.gz","GSE2109_series_matrix-9.txt.gz"), GSEMatrix=T)
 以下にエラー gzfile(fname, open = "rt") :  'description' 引数が不正です 
>

違うらしい。
これは、1つずつgse2109-1 <- getGEO(... 、gse2109-2 <- getGEO(...、って読み込んだ後、cbindするのが正解なのかなぁ。